Kepulauan Raja Ampat terletak di ujung barat laut Provinsi Papua Barat tepat di “jantung” Segitiga Karang dan mencakup empat juta hektar wilayah yang terdiri dari pulau-pulau kecil, terumbu karang dan perairan terbuka. Wilayah ini menjadi rumah bagi terumbu karang yang tertinggi keanekaragamannya di dunia dan populasi satwa langka seperti Penyu dan mamalia laut termasuk Dugong.
Pada tahun 2006, pemerintah kabupaten Raja Ampat menetapkan enam buah Kawasan Konservasi Perairan (KKP) baru yang pada akhirnya menambah jumlah total KKP yang ada menjadi 7 buah dengan luas hampir 1 juta hektar. I Pada tahun 2006 penduduk Kabupaten Raja Ampat mencapai sekitar 32.055 orang tapi kemudian berkembang dengan pesat. Hampir seluruh masyarakat menggantungkan hidupnya pada sumberdaya alam untuk sumber pangan dan penghasilan. Pemahaman tentang pola pemanfaatan sumber daya yang ada, penyebaran habitat dan spesies kunci sangat penting sebagai informasi untuk pengambilan keputusan dan perencanaan tata ruang dalam rangka pengelolaan pemanfaatan sumber daya alam dan perencanaan KKP. Survei udara adalah sebuah metode yang paling layak dan bermanfaat dalam rangka mengumpulkan data pada skala ruang yang besar dan digunakan untuk mengumpulkan informasi mengenai distribusi dan kelimpahan mamalia laut dan biota laut besar lainnya.
Pada bulan Januari dan September tahun 2006 telah dilakukan survei udara dengan menggunakan pesawat udara kecil berbaling-baling. Survei udara mencapai 30 jam selama 5 hari dan mencakup wilayah dengan luas sekitar 4.000 km2. Para pengamat melakukan pencatatan dan menggambarkan semua kapal yang dilihat beserta aktivitasnya, merekam alat tangkap atau struktur permanen dan setiap biota seperti penyu atau mamalia laut yang dijumpai. Selain itu, dilakukan pencatatan lokasi dengan GPS dan pengambilan foto-foto pada semua pengamatan. Data yang diperoleh kemudian dipetakan dan dianalisis untuk menentukan perbedaan-perbedaan dalam pemanfaatan sumberdaya atau distribusi biota-biota di area-area dalam Raja Ampat dan dalam KKP.
Mayoritas (>75%) dari kapal-kapal yang diamati adalah dari jenis perahu kecil, yaitu sampan dengan atau tanpa mesin. Temuan ini menunjukkan tingginya pemanfaatan sumber daya laut dan pesisir oleh masyarakat lokal untuk kegiatan perikanan artisanal. Meskipun kapal-kapal kecil ini jumlahnya besar, tetapi studi lain yang dilakukan di wilayah ini menunjukkan bahwa hampir 80% hasil tangkapan perikanan diambil oleh pihak luar dengan menggunakan kapal yang lebih besar. Alat-alat permanen di Raja Ampat sebagian besar digunakan untuk kegiatan penangkapan dan tidak mematuhi aturan. Meskipun demikian, nampaknya sejumlah besar ikan ditangkap menggunakan alat-alat tersebut, atau, alat ini digunakan untuk menyokong kegiatan penangkapan di daerah-daerah terpencil (Bailey et.al 2008). Untuk itu mengetahui jumlah, lokasi dan jenis-jenis alat tangkap permanen adalah penting dalam memahami jumlah yang tepat mengenai usaha perikanan di Raja Ampat selain dapat digunakan sebagai dasar untuk sistem perijinan atau kuota di masa mendatang dalam rangka pengaturan alat-alat tangkap perikanan.
Pari Manta, Paus dan Lumba-Lumba jumlah sangat berlimpah pada bulan Januari yang jumlahnya dua kali lebih banyak dibanding individu yang biasa dijumpai pada bulan September. Sebagian besar biota ini terlihat di wilayah antara Sorong dan Pulau Salawati, Teluk Dampier dan sekitar Pulau Kofiau. Jejaring KKP yang ada saat ini tidak cukup banyak mencakup lokasi-lokasi penting untuk spesies-spesies tersebut.
Studi ini menunjukkan bahwa survei udara adalah metode yang sangat bermanfaat untuk mempelajari pemanfaatan sumber daya dan fauna laut besar di wilayah-wilayah yang terpencil dan luas. Ada potensi yang sangat besar untuk mengintegrasikan survei udara dengan survei berbasis kapal untuk membantu dalam kegiatan patroli dan memberikan laporan kepada pihak pemerintah tentang adanya aktivitas-aktivitas ilegal. Metode ini juga sangat baik untuk menghitung jumlah, jenis dan distribusi dari alat-alat tangkap yang tidak diatur (unregulated) seperti misalnya bubu dan pondok nelayan.